wwPDBがプレプリントを出版済とみなす対応について

PDB,BMRB,EMDB登録者の皆様

 いつも蛋白質や核酸などの新規構造をPDBに登録する際に,ご協力いただき大変ありがとうございます。wwPDBとしてプレプリントで発表されたPDB ID等を公開するかどうかの取り扱いについて方針を統一しましたので,ご案内させていただきます。

https://pdbj.org/news/Pre-print_policy?lang=ja
https://www.wwpdb.org/news/news?year=2024#670d48435697788818ca8c34

 PDBjを含むwwPDBの地域データセンターへ「bioRxivにプレプリントが公開されているのに,なぜPDB(BMRB, EMDB)をリリースしないのか?」という数多くの苦情がよせられてきました。

 これまでwwPDBでは,プレプリントが発表されたエントリーに対してAuthorがHPUBのエントリーを公開していない状態で,第3者からHPUB公開のリクエストがあった場合には,Authorに公開するかどうかを尋ねるという対応をとり,プレプリントと論文とは違う対応をとってきました。しかし,問い合わせ数が非常に多くなってきているため個別の対応を取ることが難しくなっている状況です。また,bioRxivの運営者やプレプリントを公開している出版社からも,「プレプリントはデータ公開済みと見なす」という見解が伝えられたために,wwPDBとしてはプレプリントサーバーに原稿が公開されて,その中にIDが記載されている場合には,今後は「公開済みである」と判断して,HPUBのリリース処理をさせていただくことにいたしました。

 もし,どうしてもプレプリント掲載時の公開を希望されない場合には,プレプリントではPDB IDをPDB_0000XXXXなどと記載される等の対応をご検討ください。

栗栖源嗣